世界速看：Exact Sciences斥資1500萬美元收購OmicEra布局蛋白質組學早篩

近日，Exact Sciences（以下簡稱Exact）以1500萬美元收購了位于德國Planegg的OmicEra診斷公司，布局血漿蛋白質組學領域。

據Exact CSO Jorge Garces稱，Exact決定收購OmicEra是考慮到其擁有基于質譜的蛋白質組學的最新技術發展，以便于Exact能利用該技術進一步發現癌癥早期生物標志物。

【資料圖】

專注蛋白質組學的OmicEra頂級人才來自Mann實驗室

OmicEra于2019年由德國馬克斯-普朗克生物化學研究所蛋白質組學和信號轉導系主任Matthias Mann實驗室的研究人員創立。該公司專門從事基于質譜的蛋白質組學，特別是血漿蛋白質組學，該公司的聯合創始人兼CSO Philipp Geyer在Mann的實驗室擔任博士生和博士后時在這一領域做了大量工作。

由于血漿易于取樣，Exact和許多在癌癥早期檢測領域的競爭對手一樣，正在開發基于血液的臨床檢測產品。然而，血漿已被證明是蛋白質組學工作的一個極具挑戰的樣本類型，因為它的動態范圍大，這使得基于質譜的實驗難以達到顯著的覆蓋深度。雖然質譜工作流程可以常規地表征組織樣本中的5000個或更多的蛋白質，但它們通常在血漿中的蛋白質數量只能達到500個左右。研究人員努力將這一數字提高到3000或更多，但即便如此，僅3000的數量也與生物標記物發現和驗證所需的高通量水平還有距離。

不過，血漿中的500個蛋白質比起以前的技術也有了重大改進，而質譜和樣品制備技術的不斷發展可以進一步提高這種實驗的覆蓋率。

Garces強調，布魯克公司的TimsTOF系列質譜儀的出現是他認為推動血漿蛋白質組學發展的一個重要節點。TimsTOF儀器使用捕獲離子遷移率光譜技術（TIMS）來收集和分離基于其碰撞截面的離子。這種碰撞截面數據提供了一個額外的信息層，研究人員可以用它來進行蛋白質鑒定，提高質譜數據的質量。此外，研究人員還利用TIMS離子阱的設計來開發新的質譜工作流程，以提高檢測靈敏度。

在上周的美國質譜學會年會上，布魯克公司推出了TIMSTOF的最新版本——TIMSTOF HT，與以前的版本相比，該版本可覆蓋的動態范圍更大，這一特點可以進一步地幫助血研究人員進行血漿分析。

布魯克公司對TimsTOF系統的開發是與Mann實驗室合作完成的，該實驗室還領導了該平臺的大部分測定開發工作。除了Geyer之外，OmicEra的另外三位聯合創始人——首席執行官Ole Vorm、首席技術官Sebastian Virreira Winter和首席商務官Sophia Doll——都曾是Mann實驗室的研究員。

“OmicEra這些人才給我們帶來了大量的專業知識?！盙arces說，“他們很多是TimsTOF系統測試網站的測試者，有強大的數據分析能力，也有質譜分析的專業知識。"

OmicEra質譜技術助力CancerSEEK推動癌癥早篩領域發展

Garces表示，Exact對蛋白質的修飾的研究非常感興趣，尤其是磷酸化。磷酸化和其他修飾能夠作為識別癌癥的一個重要信號。而新的質譜平臺可以讓我們真正開始區分這些以前無法解決的變化類型。除了對蛋白質水平進行定量，我們還能檢測出疾病導致的修飾和特殊的蛋白質變化。"

同時，Garces也透露，Exact在工作中也在使用各種非質譜蛋白分析工具，不過并沒有透露Exact正在與哪些其他公司合作，但他強調SomaLogic、Olink、Seer、Nautilus Biotechnology和Quantum-Si是擁有相關技術的公司。

蛋白質標記物在CancerSEEK多癌癥早期檢測測定中發揮了作用，該測定來源于Exact收購的Thrive Earlier Detection。

在2018年的《科學》研究中，詳細介紹了CancerSEEK的原始版本，開發該檢測的約翰霍普金斯大學團隊使用在Bio-Rad公司的Bio-plex 200平臺上運行的Luminex免疫測定，尋找可以幫助區分癌癥患者和健康對照的血漿蛋白標記物，確定了8種潛在的有用蛋白。在2020年發表的DETECT-A研究中，則詳細說明了CancerSEEK測試在大約1萬名婦女隊列中的表現，他們測量了9種血漿蛋白標志物的水平，以幫助研究人員檢測潛在的癌癥。

JHU研究員Bert Vogelstein（CancerSEEK測試的開發者之一）實驗室的前教員Qing Wang在2017年接受采訪時詳細介紹了該實驗室的血漿蛋白工作，指出血漿蛋白標記物將比ctDNA更敏感，因為ctDNA在早期癌癥中往往不存在可測量的水平。然而，蛋白質對癌癥的特異性往往不高，這也是JHU研究人員正在解決的一個挑戰。

Garces說：“Exact打算利用OmicEra質譜技術來幫助CancerSEEK技術發展。隨著我們繼續加強和發展CancerSEEK技術，希望未來能夠在多種癌癥早期檢測中使用它。”

收購OmicEra極具意義但血漿蛋白組學仍有瓶頸

不過，總的來說，血漿蛋白組學到目前仍有待進一步發展，其在癌癥早期檢測的發展也具有一定的挑戰性。本月，Mann和他的同事在《自然醫學》上發表了一篇論文，介紹了一套用于診斷酒精相關肝?。ˋLD）的血漿蛋白標志物組合panel。

Mann指出，這項研究是首次證明基于血漿蛋白的測試可以提供相當于或優于現有臨床工具的性能。不過他說：“與ctDNA一樣，一些癌癥可能無法釋放足夠的蛋白質到血液中，因而難以通過血漿蛋白質組學進行檢測?！?/p>

不過，他相信Exact收購OmicEra是有意義的。他說："如果我是Exact，我也會投資質譜領域，因為在許多情景下它都是一個非常有用的技術?！?/p>

關鍵詞： 蛋白質組學 研究人員 碰撞截面